A avalição no curso de Medicina do Cesmac é processual com indicadores formativos e somativos. O sistema inclui 3 avaliações semestrais, cuja conceito final delas é obtido por diversos mecanismos avaliativos como: avaliação teórica, avalição prática, Exame Clínico Objetivo Estruturado (OSCE), entre outras metodologias avaliativas. Busca-se sempre o feedback como importante mecanismo do aprendizado.

O curso implantou um grupo de docentes para reflexões da Avaliação e colabora na organização da Avaliação Integrada Semestral. Os alunos são estimulados a participarem do Teste do Progresso da Associação Brasileira do Educação Médica (ABEM)